Nous nous retrouvons deux ans après que nos héros de FFVII aient vaincu Séphiroth et sauvé le monde de la chute du météore. Durant ces deux années Cloud a vécu à l'écart du monde voyageant au volant de sa moto « Fenrir » mais un nouveau mal touche le monde, une maladie qui porte le nom de Géostigma qui provoque l'endormissement définitif des adultes mais qui peut aussi tuée si elle touche les enfants. Inquiété par cela Cloud en viendra à combattre au côté de ses amis un trio qui semble être des clones de Séphiroth (nous les appellerons par la suite les Silver Head Man). La plus grande partie du film se déroulera dans les ruines de Midgar ou Cloud rencontrera des vielles connaissance comme Reno et Rude des Turks qui semblent aussi intéressés par les événements qui se déroule dans cette ville. Il viendra aussi à retrouver tous ces vieux compagnons de Final Fantasy VII avec lesquels il combattra de nouveau le mal pour sauver le monde.
